Die aus einem langen Schlaf erwachten neuen Gegner weisen eine Ähnlichkeit mit Nene auf, dem bestiegten Feind des ersten Spiels. Dieses Rätsel führt den Spieler, Shu und seine Freunde in einen fürchterlichen Kampf um die verlorenen Schatten und das Gleichgewicht der Welt. Zum ersten Mal in der Serie kann der Spieler die Rolle des Hauptcharakters übernehmen, dessen Geschlecht auswählen und das Aussehen individuell bestimmen. Die Steuerung mit Stylus- und Tasten macht es einfach, Kleidung, Frisur und Gesichtsdetails des Protagonisten zu ändern, um den Charakter ganz dem eigenem Geschmack anzupassen. Der Spieler kann auch Ausrüstung, Waffen und Rüstung aufwerten. Die Änderungen sind dann visuell am Charakter klar erkennbar. Außerdem lassen sich die Schatten durch den Spieler verändert, um taktisch gegen die vielen
Herausfoderungen und Bosse des Spiels vorzugehen.